Pada awal penerimaan mahasiswa PSIK FK UGM membuka pendidikan bagi mahasiswa yang berasal dari lulusan SMU (Program A) dan lulusan DIII yang akan melakukan alih jenjang ke S1 (Program B). Kegiatan belajar mengajar dilakukan di Gedung Antropologi Universitas Gadjah Mada.

Pada tahun 2001, Program Studi Ners FK-KMK UGM untuk pertama kalinya meluluskan perawat dari program B. Lulusan dari Program Studi Ners FK-KMK UGM mendapatkan gelar sarjana keperawatan karena telah menyelesaikan pendidikan di tahap akademik (S.Kep) dan gelar Ners (disingkat Ns) setelah menyelesaikan Pendidikan di tahap klinik.

Dalam upaya mempertahankan mutu pendidikan, penjaminan mutu di tingkat internal dan eksternal selalu dilakukan. Pada tahun 2004, untuk pertama kalinya PSIK FK UGM melakukan proses akreditasi untuk program Pendidikan Keperawatan dan Ners dengan penilaian akreditasi baik berdasarkan nomor SK BAN-PT: 06758/Ak-VII-S1-32/UGMKOW/VIII/2004.

Dalam upaya pengembangan program pengabdian masyarakat, pada tahun 2006 PSIK FK-KMK UGM mengembangkan program pemberdayaan masyarakatdengan dukungan dana dari Japan Coorporation Agency (JICA) untuk pelatihan bagi kader dan handicap serta kesiapsiagaan bencana.

Pada tanggal 19 September 2011 didirikan Program Studi Magister Keperawatan (PSMK) dibawah naungan Fakultas Kedokteran dengan SK Rektor Nomor 449/P/SK/HT/2011. Di awal pendirian PSMK FK UGM membuka minat untuk keperawatan maternitas dan keperawatan anak. Lulusan dari PSMK FK UGM bergelar Magister Keperawatan (M.Kep).

PSIK FK UGM pada tanggal 29 Desember 2014 resmi mendapatkan prestasi nilai akreditasi A untuk program S1 dan Ners dengan nomor SK 488/BAN-PT/AKRED/PN/XI/2014.

Pada tahun 2016 Perubahan Susunan Organisasi Tata Kelola (SOTK) di FK UGM. Sehingga, mulai tahun 2016, PSIK dan PSMK UGM tidak hanya berkoordinasi dengan Fakultas Kedokteran, namun juga memiliki koordinasi dengan 4 departemen keperawatan. Departemen-departemen tersebut antara lain Departemen Keperawatan Medikal Bedah, Departemen Keperawatan Anak dan Maternitas, Departemen Keperawatan Jiwa dan Komunitas, dan Departemen Keperawatan Dasar dan Emergensi. Afiliasi dari staf pengajar di PSIK dan PSMK FK UGM juga berubah dari yang sebelumnya menggunakan program studi menjadi Departemen sesuai dengan bidang dan keahliannya.

Pada bulan Oktober 2017  Fakultas Kedokteran UGM (FK) resmi berganti nama menjadi Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan (FK-KMK). Perubahan nama tersebut dilatar belakangi perkembangan ilmu di FK-KMK UGM yang semakin maju dan dalam upaya menunjukkan  multidisiplin dalam pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat di FK UGM.

Pada tanggal 11 Juli 2021 Program Studi Magister Keperawatan berhasil mendapatkan sertifikasi dari ASEAN UNIVERSITY NETWORK QUALITY ASSURANCE (AUN-QA) dengan nomor sertifikat AP648UGMJUN21

Terhitung sejak tanggal 25 Januari 2023 – 25 Januari 2025, Program Studi Ilmu Keperawatan mendapatkan status “Candidate for Initial Accreditation” dari lembaga akreditasi intitusi keperawatan internasional Accreditation Commission for Education in Nursing (ACEN). Program Studi Ilmu keperawatan telah melalui serangkaian proses meliputi Eligibility Process pada tahun 2022, penyusunan Candidacy Presentation dan Consulting Visit pada tanggal 10-12 Januari 2023

Pada tanggal 10 Mei 2024 Program Studi Magister Keperawatan FKKMK UGM berhasil mendapatkan predikat “UNGGUL” dalam Re-akreditasi  dari Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM PT-Kes).

Program Studi Ilmu Keperawatan dan Ners FKKMK UGM berhasil mendapatkan predikat “ACCREDITATION” dalam Akreditasi Internasional khusus dalam Bidang Pendidikan Keperawatan oleh Accreditation Commission for Education in Nursing (ACEN). Program Studi Ilmu Keperawatan dan Ners FKKMK UGM menjadi Program Studi Keperawatan Pertama di Indonesia yang mendapatkan akreditasi ACEN.