Struktur organisasi Program Keperawatan berubah menjadi Departemen Keperawatan yang kemudian menyelenggarakan program S1 dan Profesi Ners, serta Program Magister Keperawatan. Perubahan ini terjadi pada tahun 2017 seiring dengan peralihan Fakultas Kedokteran menjadi Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan. Secara formal peralihan FK UGM ke FKKMK UGM telah diatur dalam Peraturan Wali Amanat UGM No. 3 tahun 2017 tentang Perubahan Ketiga Amanat Dewan Pengawas No. 4/SK/MWA/2014 tentang Organisasi dan Tata Kelola UGM.
Departemen Keperawatan Medikal Bedah
Departemen Keperawatan Medikal Bedah memiliki cakupan riset strategis di area medikal bedah seperti perawatan pasien kanker, kontrol infeksi, perawatan paliatif, penyakit kronis, penyakit menular, dan lain-lain.
Departemen Keperawatan Anak dan Maternitas
Departemen Keperawatan Anak dan Maternitas memiliki cakupan riset strategis di area keperawatan maternitas, kajian kesehatan reproduksi, kesehatan ibu dan anak, anak dengan kebutuhan khusus, perawatan anak sakit, dan optimalisasi tumbuh kembang anak, dan lain-lain.
Departemen Keperawatan Dasar dan Emergensi
Departemen Keperawatan Dasar dan Emergensi memiliki cakupan riset strategis di area critical care, disaster management, prehospital and intrahospital emergency nursing, pendidikan keperawatan, manajemen keperawatan, dan lain-lain.
Departemen Keperawatan Jiwa dan Komunitas
Departemen Keperawatan Jiwa dan Komunitas memiliki cakupan riset strategis di area mental health, ilmu kesehatan jiwa di masyarakat (CMHN), emergency psychiatric, promosi kesehatan, family centered care, home care, dementia care, dan lain-lain.
Program Studi Ilmu Keperawatan, FK-KMK UGM mencetak Ners profesional dengan teaching philosophy CARE (Competence, Altruism, Respect, dan Empathy) Program Studi Ilmu Keperawatan telah terakreditasi A oleh Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM-PT Kes) dan mendapat sertifikasi Asian University Network Quality Assurance (AUN-QA) pada tahun 2017.
Program Studi Magister Keperawatan, FK-KMK UGM berdiri sejak tahun 2011 di bawah naungan. Saat ini Program Studi Magister Keperawatan FK-KMK UGM telah terakreditasi A oleh LAM-PT Kes pada tahun 2019 dan telah memperoleh sertifikasi AUN-QA di tahun 2021. Program Studi Magister Keperawatan FK-KMK UGM menawarkan 14 mata kuliah bebas dan 5 peminatan diantaranya Peminatan Keperawatan Anak, Keperawatan Maternitas, Keperawatan Medikal Bedah, Keperawatan Gawat Darurat, dan Keperawatan Jiwa.
